公立醫院和私立醫院一樣，其實也算是個大雜匯的通稱。我們所謂的公立醫院，是指公家機關所設立的醫院，但是最上頭的管理機構卻不是一樣的。
國內的公立醫院，可包括幾個系統。
第一，是台大的附設醫院，這是台灣歷史最悠久的公立醫院，加上有醫學院的加持，使得台大在國內醫界一直是個指標性的象徵。而在90年代民主化之後，台大的地位因為多位高層官員的造訪而升到榮總之上，更讓台大在三大醫院體系(台大長庚榮總)有著權威的代表。不過長庚醫院體系的興起對台大的管理造成威脅，因為長庚醫院靠著龐大的床位(光是林口就有6000床)和機構吃掉健保約20%左右的經費。因此台大在這幾年也逐漸長庚化，學習長庚薄利多銷的精神，不僅新增公館院區，也吃掉署立雲林醫院，更打算在雲林虎尾開設分院。
第二，是軍方的軍醫院系統，這包括了各地的8xx醫院，以及三總，是由軍方所管理的，其中，三總是國防醫學院的教學醫院(不過兩者間並無從屬關係)。
第三，是由退輔會所管的榮總，這包括了台北台中高雄三間榮總，後兩間榮總原本是台北榮總分院，後來皆獨立而成醫學中心。其中，台北榮總在先總統空一格蔣公的時代因為獲得先總統空一格蔣公的寵幸而在早期地位是壓在台大之上。另外，榮總是陽明大學醫學院的教學醫院(不過兩者間並無從屬關係)。
第四，是署立醫院體系，這是由衛生署所直轄的醫院，不過這幾年的經營狀況並不太好而慢慢退出市場，交由其他醫院經營。
第五，是台北市立醫院體系，是由台北市政府管理，原本是分隔的各自醫院系統，不過在看到高雄市聯合醫院的成功後也想學習而把不同的醫院合併，號稱是東亞最大的醫院，不過這幾年營運狀況不好，許多年資久的醫生紛紛出走。
第六是高雄市立聯合醫院，同台北市立醫院一樣原本是不同的醫院而後合併成單一醫院。
第七是成大附設醫院，他的規模較小，不過這幾年它也默默吃下國軍雲林分院並打算蓋500床的醫院擴充床位。
以上是幾個主要的公立醫院體系，由從屬關係來看可知公立醫院其實不是一個大的醫療體系而是分屬多個不同的醫院系統。不過有共同的特徵就是上述醫院的醫療人員在早期皆具有軍人或公務員等資格而享有福利，不過這些年來醫護人員也慢慢的改成約聘制以節省成本，而導致後進的醫療人員並無前人有好的福利政策。且這幾十年來醫療政策的走向傾向於以私立醫療體系為主，公立醫院為輔，因此暑立醫院體系慢慢走向萎縮。而台大成大則是慢慢擴充市場，但速度比起私立醫院來說來的慢。
總的來說，公立醫院受限其服務性質，因此往往會付出較高的成本而虧本經營。且因為公家機關的預算特性而使其花費遠較私立醫院高(ps1, ps2, ps3, ps4)，且對於醫療市場的反應也較慢，再加上衛生署的規畫將醫療市場以私立醫院為主，目前公立醫院總床數:私立醫院約為35:65(ps5)，且成長力道已不如私立醫院(ps5)。這使得台灣的醫療體系慢慢走上世界衛生組織的新普便原則
(New Universalism)：政府負責籌措健康服務的財務，而由民間負責提供醫療保健的服務。這和現今的新自由主義原則是相合的。
另外，就我找到的新聞來說，公立醫院虧損並不是台灣獨有，美國、中共也都有相似的問題，更不用說英國的公醫系統造成的嚴重問題。也因此怎麼處理公立醫院的未來變成是政府一個很頭痛的問題。
ps1: 聽說醫管系去實習時，把1X萬預算省到4萬可完成，在台大會被罵，因為這導致他們來年會拿不到錢，在長庚會被讚賞，因為他們為醫院省錢。
ps2: 何不讓公立醫院法人化？自由時報2001年3月20日;
ps3: 公立醫院民營化之策略研究
ps4: 公醫績效報告令人失望
ps5: 94年衛生統計動向，參-12